Klan Aburame – Jeden z najstarszych klanów pochodzących z Konohy. Specjalną zdolnością, na której opierają się techniki członków klanu Aburame, jest kontrola owadów zamieszkujących ich ciała. Owady te mogą służyć zarówno do ataku, jak i obrony a nawet rozpoznania w terenie.

Klan Akimichi – Znany klan Konohy, choć nie znajdziesz w nim wiele osób. Jego członkowie posiadają niezwykłą umiejętność powiększania swego ciała wedle swoich potrzeb, jednak by to zrobić potrzebują dużych ilości energii... ...którą czerpią z dużych ilości pożywienia.

Klan Hyuuga – Jest to jeden z klanów, które są w Konoszy niemalże od samego jej założenia. Jego członkowie posiadają jedną z najsilniejszych Doujutsu - Byakugan. Byakugan pozwala użytkownikowi widzieć przepływ chakry innych shinobi, a przy użyciu swoich ataków jest w stanie go zablokować.

Klan Uchiha – <Wymarły> Cecha charakterystyczna tego klanu to technika oczna Sharingan. Klan został wymordowany przez jednego ze swoich członków Itachiego Uchihe.

Klan Nara – Członkowie klanu potrafią manipulować przeciwnikiem dzięki połączeniu się z jego cieniem.

Klan Inuzuka - Cechuję się współpracą ze swoimi zwierzęcymi towarzyszami (psami). Członkowie tego klanu posiadają doskonały węch.

Klan Sabaku - Klan Sabaku jest to klan pustynny. Jego umiejętności polegają na kontroli piasku.

Klan Ayatsuri – Klan, którego członkowie specjalizują się w kontroli nad kukłami.

Klan Jisori – Klan, który posiada zdolności zamiany zwykłego piasku na stalowy. Użytkownik może go dowolnie kontrolować i użyć jako bardzo niebezpieczną broń.

Klan Kaguya – Członkowie klanu Kaguya potrafią dowolnie kontrolować swoje kości.

Klan Gashi - Członkowie klanu Gashi atakują przy pomocy ożywianych przez siebie rysunków.

Klan Tsurugi – Specjalną zdolnością członków tego klanu jest umiejętność genialnego posługiwania się mieczem.

Klan Yuki – Niewielki klan o zdolności tworzenia lodowych luster. Członkowie Haku mają wrodzone umiejętności panowania nad żywiołem lodu.

Klan Sabataya – Klan, którego członkowie posiadają doujutsu - Tsuujitengan. Pozwala on na widzenie w promieniu 360 stopni, przez materię nieożywioną.

Klan Rensai – Członkowie tego klanu mają zdolność do kontroli długich łańcuchów za pomocą czakry.

Klan Kibaku Nendo – Członkowie po wewnętrznych stronach dłoni mają specjalne otwory gębowe, które przeżuwają glinę – podstawowy surowiec ich dzieł. Wszystkie wyrzeźbione figurki ożywają, ponad to zawierają spory ładunek wybuchowy.